カスタマイズ次第で何でもできるオープンソースのソフトウェアは、自由な反面、セキュリティアップデートもバージョンアップも全て自己責任になります。
運営や保守に自信がないのであれば、公式のASPサービス「EC-CUBE ASP」（http://asp.ec-cube.net/）を使うのも一手です。
「EC-CUBE ASP」はASPですから、他のASPサービスと同様にできることに制限がありますが、運営に慣れるまでは運営・保守が容易な「EC-CUBE ASP」を使い、運営に慣れてきて自由にいじり倒したいとなったときに、通常のオープンソース版EC-CUBEに移行すればいいのです。そうした使い方をする人のために、「EC-CUBE ASP」では、データの大部分をオープンソース版に引き継ぐことができます。
またASPでは、オープンソース版には無い、新しい機能も自動で追加されていきます。
これからECサイトを始めるという場合で、どうしてもカスタマイズが必要になるケースは意外に稀で、たいていの場合は運用でカバーできます。すぐに始めることができるASPで、ショップが起動に乗るまで運営すれば、ショップ運営以外の余計な事に気を取られずにすむでしょう。