EC-CUBEには、下記の一覧表の機能が備わっています。この一覧を見ただけでも、EC-CUBEが単純に商品を登録して販売するだけではない、きわめて高機能なオープンソースだということを理解していただけると思います。
例えば、よく利用するお客様を、会員として登録することができます。さらに、その会員の購入データを分析し、対象となる会員だけにメールマガジンを配信したりするような、いわゆるCRM（Customer Relationship Management）ツールとしての機能も備えています。
他にもポイント機能や受注管理機能といった、ECサイトの運営に必要となる機能は、標準でほぼ揃っていると言えるでしょう。
また、EC-CUBEでは、追加コンポーネントをインストールする必要なく、モバイルサイトはもちろん、スマートフォン対応サイトも開店することができます。
近年、スマートフォンのシェアは急拡大しており、ECサイトの運営においては、もはやスマートフォン対応は、モバイル専用サイトと同様に欠かすことができないと言えます。
EC-CUBEなら、管理画面より商品を登録するだけで、PC版・モバイル版・スマートフォン版のすべての商品ページが自動生成されます。1つの管理画面で、PC用・モバイル用・スマートフォン用の3つのサイトの管理が簡単に行えるのです。別々に管理する必要はありません。
モバイルは3キャリア（DoComo、SoftBank、au）すべてに対応しています。画像ファイルは、キャリア機種端末に応じて、自動で形式や解像度を最適化します。指定タグを記述することで、キャリアごとに適切な絵文字を表示することもできます。さらに、機種端末固有の製造番号を記録することで、2回目以降は、IDを入力しなくても簡単にログインできるようになります。
ECサイトと言えば、商品を販売する物販サイトは当然ですが、その他に写真や文章といったデジタルコンテンツを販売するサイトも含まれます。
EC-CUBEには簡易なデジタルコンテンツ販売機能があります。JPEG画像やPDF文章を商品として登録し、来訪者が買い物かごに入れて、購入すれば、Myページから一定期間ダウンロードできるようになるというものです。DRM（Digital Rights Management）と呼ばれる高度なコンテンツ保護を行うことはできませんが、簡易なデジタルコンテンツ販売であれば十分可能です。